Appleton werd op 11 januari 2013 aangesteld als nieuwe trainer van de Blackburn Rovers, die momenteel achttiende staan in de Championship. Het seizoen werd nog begonnen door Steve Kean, die afgelopen seizoen al onder zware druk stond van de supporters, maar het seizoen uiteindelijk wel afmaakte. Hij ontliep degradatie echter niet. Op 28 september 2012 ging het bestuur van Blackburn Rovers dan eindelijk overstage en kwam er een eind aan het dienstverband van Steve Kean.
Hij werd opgevolgd door de Noorse trainer Henning Berg, maar die hield het slechts 57 dagen vol op Ewood Park. Onder leiding van Appleton werden in totaal vijftien wedstrijden gespeeld, waarvan er vier gewonnen gingen, vijf in een gelijkspel eindigden en zes verloren gingen. De Rovers zorgden onder Appleton wel voor een sensationele stunt door Arsenal in de achtste finale van de FA Cup uit te schakelen. Blackburn werd in de kwartfinale gekoppeld aan Millwall, maar die confrontatie ging in de replay verloren door een doelpunt van de Nigeriaan Danny Shittu.
Gary Bowyer was tot op heden jeugdcoach bij Blackburn Rovers, de club die in 1994/1995 nog kampioen van de Premier League werd.
