In zijn eerste seizoen bij de Gunners brak Eduardo zijn linkerscheenbeen door een onbesuisde tackle van Martin Taylor. Na een lange periode van revalideren werd de Braziliaanse Kroaat nooit meer de speler die hij voor zijn blessure was. Daarom besloot Arsenal hem deze zomer te verkopen aan Shakhtar.
In de DailyMail laat Eduardo weten dat hij bij een eventueel doelpunt niet zal juichen uit respect voor zijn voormalig werkgever. "Ondanks de verkoop van deze zomer ben ik Wenger heel dankbaar dat hij mij in 2007 de kans heeft gegeven om voor Arsenal te voetballen. Ik denk dat ik niet zal juichen uit respect voor de supporters, meneer Wenger en de club. Het was dan ook de moeilijkste moment uit mijn carrière toen ik vertrok bij Arsenal."