Filipe speelde in het seizoen 2004/05 een half jaar op huurbasis in Amsterdam. Hij kwam niet verder dan Jong Ajax en was met een armbreuk een tijdje uit de roulatie. Mede daardoor kon hij de Amsterdamse clubleiding (Danny Blind was destijds hoofdtrainer) niet overtuigen.
Filipe keerde noodgedwongen terug naar Zuid-Amerika, waar hij voor het Uruguayaanse CA Rentistas ging voetballen. Dat deed de linkspoot zo goed, dat hij een jaar later naar het tweede elftal van Real Madrid ging. Een doorbraak daar bleef uit, maar in 2006 pikte Deportivo La Coruña hem op, waar hij al snel een vaste waarde werd.
In de Spaanse media werd twee jaar geleden nog gespeculeerd over een transfer naar Ajax. Marco van Basten zou Filipe terug hebben willen halen naar de ArenA, maar serieus werden die verhalen nooit.