Caparrós kwam in 2000 aan het roer bij Sevilla, nadat de club was gedegradeerd naar de tweede Spaanse divisie. Hij leidde Sevilla in zijn eerste seizoen direct terug naar de Primera División.
Caparrós staat in Spanje bekend om zijn oog voor jong talent. Bij Sevilla groeiden José Antonio Reyes (Arsenal), Sergio Ramos en Jesus Navas onder zijn leiding uit tot belangrijke spelers. Atlético Madrid en Deportivo La Coruña zouden de trainer graag willen inlijven.